BMW E46 a avut cateva motoare diesel, incepand cu vechiul 2.0 d care oferea 136 cp. Insa acesta a fost putin modificat ulterior, odata cu faceliftul, reusind sa aiba 150 cp din aceeasi capacitate. Motorul de 150 cp este poate cel mai bun si fiabil diesel de la BMW, mai ales de pe toate generatiile anterioare.